Skills

利用hifiasm结合相位信息，从PacBio HiFi读长中构建高质量的基因组组装。适用于从HiFi数据中构建参考级别的二倍体组装，尤其适合在三亲本或Hi-C相位信息的支持下，实现完全解析的单倍型组装。

利用短读长（Pilon）、长读长（Racon），或ONT专用工具（medaka）对基因组组装进行精修，以降低错误率。对于提升长读长组装的准确性至关重要。适用于在使用精修工具提升组装精度时使用。

利用CRISPRscan与局部评分算法，为CRISPR-Cas9/Cas12a实验设计引导RNA。根据Rule Set 2与Azimuth模型，对引导RNA的靶向活性进行评分。适用于在设计sgRNA以进行基因敲除、激活或抑制实验时使用。

利用Dorado碱基呼叫器，将原始纳米孔信号数据（FAST5/POD5）转换为核苷酸序列。涵盖模型选择、GPU加速、修饰碱基检测以及质量过滤。适用于在比对前处理原始纳米孔数据时使用。注意：Guppy已不再推荐使用；所有新分析均应采用Dorado。

当您开始一项需要与当前工作区隔离的功能开发，或在落实实施方案之前使用——可在 .worktrees/ 中创建隔离的 Git 工作树。

创建数据访问抽象的仓库接口。当添加需要数据库操作的新资源、定义CRUD接口或设置仓库模式时使用。触发条件包括“新仓库”、“仓库接口”、“数据访问层”、“创建仓库”。

利用Sniffles、cuteSV以及SVIM从长读长比对中检测结构变异。适用于在从ONT或PacBio数据中检测缺失、插入、倒位、易位，或复杂的重排时使用，尤其是那些被短读长方法遗漏的变异。

利用 SILVA、GTDB 或 UNITE 等参考数据库对 ASV 进行分类学鉴定。涵盖朴素贝叶斯分类器（DADA2、IDTAXA）以及精确匹配方法。当您在 DADA2 扩增子处理完成后，需要为 ASV 分配准确的分类信息时，请使用此方法。

对分阶段与插补结果进行质量控制。依据 INFO 评分进行筛选，评估准确性，并为下游分析做好插补数据的准备工作。当您需要过滤低质量的插补变异，或在 GWAS 之前验证插补的准确性时，请使用此方法。

Git分支完成工作流。在实施完成、测试通过且需要通过合并、拉取请求或清理集成功能分支时使用。

使用 Grafana 构建监控仪表盘。涵盖面板类型、查询、变量、告警、预配，以及 Prometheus 和 InfluxDB 等数据源。适用于基础设施监控、可观测性，以及指标可视化时使用。可在 grafana、仪表盘、监控、prometheus、指标、可观测性、告警、InfluxDB 等场景下触发。