系統性文獻回顧

Name: literature-review
Rating: 92
Author: u9401066

適用情境

•開始新研究專案 | 撰寫 Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題
•不適用：快速查一篇 → 直接 search_literature | 只需整理 → format_references

工具速查

pubmed-search MCP

類別	工具	說明
搜尋	`search_literature`	基本 PubMed 搜尋
	`generate_search_queries`	MeSH + 同義詞材料
	`parse_pico`	解析 PICO 臨床問題
	`merge_search_results`	合併去重
探索	`find_related_articles`	相似文章
	`find_citing_articles`	引用此文的後續研究
	`get_article_references`	此文的參考文獻
	`get_citation_metrics`	iCite RCR 指標
Session	`get_session_pmids`	取回搜尋結果 PMID
	`get_session_summary`	查看 session 狀態
匯出	`prepare_export`	RIS/BibTeX/CSV
	`analyze_fulltext_access`	PMC 全文可用性

mdpaper MCP 儲存文獻

方法	優先級	說明
`save_reference_mcp(pmid)`	PRIMARY ✅	MCP-to-MCP 驗證
`save_reference(article)`	FALLBACK ⚠️	僅當 API 不可用

code

✅ save_reference_mcp(pmid="12345678", agent_notes="...")
❌ save_reference(article={metadata})  # Agent 可能幻覺

工作流程

Phase 0: 環境準備

code

get_current_project()  # 確認專案
讀取：projects/{slug}/.memory/activeContext.md  # 了解之前做了什麼

Phase 1: 建立搜尋策略

關鍵字搜尋（一般主題）：

code

generate_search_queries(topic="remimazolam sedation ICU", strategy="comprehensive")

PICO 搜尋（比較性問題）：

code

# Step 1: 解析 PICO
parse_pico(description="remimazolam 在 ICU 鎮靜比 propofol 好嗎？")
→ P=ICU patients, I=remimazolam, C=propofol, O=sedation

# Step 2: 並行取得各元素 MeSH（同時呼叫！）
generate_search_queries(topic="ICU patients")
generate_search_queries(topic="remimazolam")
generate_search_queries(topic="propofol")

Phase 2: 並行搜尋執行

code

# 同時多組搜尋（並行呼叫！）
search_literature(query='"Intensive Care Units"[MeSH] AND remimazolam', limit=50)
search_literature(query='remimazolam AND propofol AND sedation', limit=50)

# 合併結果
merge_search_results(results_json='[{"query_id": "q1", "pmids": ["123"]}, ...]')

Phase 3: 結果評估

code

# 結果太少 (<20) → 擴展
expand_search_queries(topic="...", current_results=15)

# 對種子文獻做引用網路探索
find_citing_articles(pmid="12345678")   # forward
find_related_articles(pmid="12345678")  # similar
get_article_references(pmid="12345678") # backward

# 取得引用指標排序
get_citation_metrics(pmids="last", sort_by="relative_citation_ratio", min_rcr=1.0)

Phase 4: 篩選與儲存

code

# 呈現篩選清單給用戶（標題、年份、期刊、RCR）

# ✅ PRIMARY：使用 MCP-to-MCP 驗證
save_reference_mcp(pmid="12345678", agent_notes="Key paper on...")

# ⚠️ FALLBACK：僅當 API 不可用
save_reference(article={metadata}, project="...")

Phase 5: 匯出

code

format_references(style="vancouver")
prepare_export(pmids="last", format="ris")
analyze_fulltext_access(pmids="last")

Phase 6: ⭐ 更新專案記憶

code

# 必須更新！
寫入：projects/{slug}/.memory/activeContext.md
- Current Focus: 文獻回顧進度
- Key References: 關鍵文獻及重要性
- Memo / Notes: Agent 對文獻的觀察

決策點

時機	選擇
建立專案 or 探索？	先探索熟悉文獻
關鍵字 or PICO？	比較性問題用 PICO
結果數量	50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮
篩選方式	<30 逐篇，>30 用 RCR 排序

常見問題

問題	解法
結果太多	加 MeSH、article_type、縮小年份
結果太少	`expand_search_queries`、移除 Comparator
用哪個儲存？	永遠優先 `save_reference_mcp`
Session 用途？	`get_session_pmids(-1)` 取回最近搜尋

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工作流程

Phase 0: 環境準備

Phase 1: 建立搜尋策略

Phase 2: 並行搜尋執行

Phase 3: 結果評估

Phase 4: 篩選與儲存

Phase 5: 匯出

Phase 6: ⭐ 更新專案記憶

決策點

常見問題

相關技能