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Cohort Selector

队列选择器

SKILL.md

Tool Name: cohort_selector

Description

全能样本分组工具。 用于根据关键词(药物名、基因名、临床特征)将样本分为两组。

🎯 药物敏感性分组(推荐用法)

数据集包含以下药物的敏感性数据:

  • Sorafenib (索拉非尼) → 匹配 Organoid_Sorafenib_Sensitive (0=耐药, 1=敏感)
  • Lenvatinib (仑伐替尼) → 匹配 Organoid_Lenvatinib_Sensitive
  • Regorafenib (瑞戈非尼) → 匹配 Organoid_Regorafenib_Sensitive
  • Apatinib (阿帕替尼) → 匹配 Organoid_Apatinib_Sensitive
  • Bevacizumab (贝伐珠单抗) → 匹配 Organoid_Bevacizumab_Sensitive

⚠️ 注意事项

  • 如果用户想研究药物靶点/耐药机制,应使用药物名作为 keyword
  • 不要用 Pathology/肿瘤类型 分组来找药物靶点(会找到疾病差异而非药物响应差异)

Parameters

  • keyword (string, required): 分组依据的关键词 (e.g., Sorafenib, TP53, Lenvatinib).
  • method (string, optional): 分组方法 ("auto", "median", "quartile"). Default: "auto".

Command

python skills/cohort_selector/script.py --keyword {keyword} --method {method}